Новини журналу

Сайт створено за підтримки

2010 Том VIIІ № 2
Чи стабілізують водневі зв’язки CH…O пари основ у ДНК? Квантово-хімічне обґрунтування Є.П. Юренко Інститут молекулярної біології і генетики НАН України вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, 03680, Україна Резюме. Геометричний, спектрально-коливальний та електронно-топологічний аналіз пар основ за участі канонічних і рідкісних таутомерів на рівнях теорії MP2/6-31G(d,p) та DFT B3LYP/6-31G(d,p) дав змогу встановити, що контакти СH…O у парах є водневими зв’язками, їхня енергія становить близько 1 ккал/моль. Ключові слова: водневі зв’язки, таутомери, пари основ ДНК, топологічний аналіз електронної густини.


Взаємозв’язок між біологічними мембранами і сигнальними посередниками. І. Як це можна пояснити? Б.О. Курчій Інститут фізіології рослин і генетики НАН України вул. Васильківська, 31/17, 03022, Київ, Україна Резюме. Розглянуто значення структури мембран відносно біологічних сигнальних систем відповідно до сучасних знань, а також особливості біологічних мембран і функції, які вони виконують у живих системах. Описано, як сполучаються між собою жирні кислоти в мембранному шарі ліпідів. Дискусійні дані дібрано відносно досягнень молекулярної організації мембран та їхньої ролі в сприйнятті сигналів, трансформації і доставку їх до мішені й шляхами у відповідь. Однією з важливих загадок відносно механізму сприйняття залишається те, як ці процеси співвідносяться з геномними і негеномними відповідями. Ключові слова: ліпіди, мембрани, оксиданти, рецептори, сигнальність.


Відношення між біологічними мембранами і сигнальними медіаторами. ІІ. Як рецептори знаходять та ідентифікують свої мішені Б.О. Курчій Інститут фізіології рослин і генетики НАН України вул. Васильківська, 31/17, 03022, Київ, Україна Резюме. Хоча багато компонентів сигнальних шляхів відомі, усе ж як міоген-активовані білково-кіназні шляхи сприймають, інтегрують, передають сигнали з різного роду внутрі- й екзо-клітинних стимулів до ДНК залишається на сьогодні відкритим питанням. Як РНК чи ДНК полімерази знаходять та ідентифікують свої мішені, минаючи непродуктивні пошуки метабаз не мішеней ДНК? У статті розглянуто, як цей пошук може відбуватися, описано альтернативний механізм сприйняття внутрі- й екзо-клітинних стимулів і трансдукцію їх в ядро з використанням як посередника (рецептора) коротких ниток ДНК, тобто праймерів. Вважаємо, що так звані рецептори (транскрипційні фактори) синтезуються одночасно з мембранами, де і зберігаються до пошкодження останніх хімічними чи фізичними факторами. Вивільнені під час руйнування мембран рецептори (сигнальні молекули), названі нами генні ключі, зв’язуються з нитками ДНК на промоторі (генний замок) нековалентними зв’язками з A-T-парами. Таким чином, генний ключ диктує, коли, де і які специфічні гени транскрибуються. Ключові слова: ДНК, мембрани, праймери, рецептори, сигнальність.


Вичерпний квантово-механічний конформаційний аналіз молекули 2-дезокси-D-рибопіранози Т.Ю. Ніколаєнко¹, Л.А. Булавін¹, Д.М. Говорун^2,3 ¹ Київський національний університет імені Тараса Шевченка просп. Академіка Глушкова, 2, корп. 1, Київ, 03022, Україна ² Інститут молекулярної біології і генетики НАН України вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, 03680, Україна ³ Інститут високих технологій Київського національного університету імені Тараса Шевченка просп. Академіка Глушкова, 2, корп. 1, Київ, 03127, Україна Резюме. Квантово-механічним методом функціоналу густини на рівні теорії MP2/6-311++G(d,p)//DFT B3LYP/6-31G(d,p) проведено вичерпний конформаційний аналіз α- і β-аномерів біологічно важливої молекули 2-дезокси-D-рибози (C₅O₄H₁₀) у формі піранозного кільця. Отримано повні сімейства її конформерів із 74 структур α-аномера і 83 β-аномера, енергії Гіббса яких за нормальних умов лежать у межах 0÷16,8 ккал/моль та 0÷14,7 ккал/моль відповідно. Визначено заселеності різних форм молекули 2-дезокси-D-рибози в газовій фазі за умови термодинамічної рівноваги при T=298,15 К: 53 % (α-піраноза) : 23 % (β-піраноза): 22 % (α-фураноза) : 2 % (β-фураноза). Методом QTAIM виявлено 6 внутрішньомолекулярних HH-контактів O_1'_βH···HC_4' з енергіями 1,4÷1,9 ккал/моль. Ключові слова: 2-дезокси-D-рибоза, конформаційний аналіз, (ди)водневі зв’язки.


Внутрішньомолекулярні водневі зв’язки у конформерах низькомолекулярних моделей цукрово-фосфатного кістяка 2’-дезоксирибополінуклеотидів: аналіз топології електронної густини І.С. Войтешенко¹, Р.О. Жураківський², Л.А. Булавін¹, Д.М. Говорун^2,3 ¹ Київський національний університет імені Тараса Шевченка просп. Глушкова, 2, корп. 1, Київ, 03187, Україна ² Інститут молекулярної біології і генетики НАН України вул. Акад. Заболотного, 150, Київ, 03680, Україна ³ Інститут високих технологій Київського національного університету імені Тараса Шевченка просп. Глушкова, 2, корп. 5, Київ, 03022, Україна Резюме.* Методом аналізу топології електронної густини на рівнях теорії DFT B3LYP/6-31++G(d,p) і DFT B3LYP/6-31G(d,p) виявлено множину внутрішньомолекулярних водневих (Н) зв’язків, які стабілізують знайдені конформери низькомолекулярних моделей цукрово-фосфатного кістяка 2’-дезоксирибополінуклеотидів, представлено їхні електронно-топологічні, енергетичні та геометричні властивості. Уперше зафіксовано внутрішньомолекулярний Н-зв’язок C2’_n-1H2...O4’_n між сусідніми цукровими залишками, що є спільним структурним чинником, який підтримує конформери, подібні до нативної В-форми ДНК. Ключові слова: модельний біцукрово-фосфатний залишок, внутрішньомолекулярні водневі та диводневі зв’язки, квантово-хімічні дослідження, аналіз топології електронної густини.


Cинтез і біологічна активність Ѕ-гетерилзаміщених L-цистеїну та його аналогів Ю.Ю. Петруша, Л.О. Омельянчик, О.А. Бражко, М.П. Завгородній Запорізький національний університет вул. Жуковського, 66, Запоріжжя, 69600, Україна Резюме. Синтезовано нові Ѕ-гетерилзаміщені L-цистеїну і його структурні аналоги, досліджено їхню гостру токсичність та антирадикальну активність на моделі аутоокислення адреналіну. Ключові слова: Ѕ-гетерилзаміщені L-цистеїну, гостра токсичність, антирадикальна активність.


Дослідження імунокорегуючих властивостей 4-фосфорильованих похідних 1,3-оксазолу і 1,3-тіазолу за умов коротко- та довготривалого супресивного ефекту циклофосфану Л.О. Метелиця, І.М. Коперник, К.М. Кондратюк, О.В. Головченко, С.В. Попільніченко, В.В. Прокопенко, В.Є. Попов, В.С. Броварець Інститут біоорганічної хімії та нафтохімії НАН України вул. Мурманська, 1, Київ, 02660, Україна Резюме. Вивчено здатність 4-фосфорильованих похідних 1,3-оксазолу і 1,3-тіазолу корегувати короткотермінову (1-2 доби) і довготривалу (7 діб) імуносупресію, викликану циклофосфаном. Найбільш високий позитивний відновлювальний ефект виявив диметиловий естер 5-хлор[2-(4-хлорфеніл)-1,3-тіазол-4-іл]тіофосфонової кислоти. Встановлено, що введення сполуки імунокомпрометованим мишам повністю відновлює супресію стану тимуса, сформовану циклофосфаном упродовж 1 доби, і пригніченість стану селезінки, викликану супресором до 7 доби дослідження. Ключові слова: фосфорильовані похідні 1,3-оксазолу і 1,3-тіазолу, тимус, селезінка, імуносупресія, циклофосфан.

•